Избыток продуктов отхода рыб содержит большую дозу белка. Бактерии, живущие в аквариуме при вступлении с ним в реакцию, образуют в аммиак. Затем бактерии преобразуют нитриты. И далее нитриты превращаются в нитраты. Такой процесс благоприятен для жизнедеятельности обитателей аквариума. Но бывает, что полезных бактерий в воде недостаточно, для химических реакций и тогда начинается отравление аквариума аммиачными и нитратными веществами. Этот процесс называется нитрификация. Для его устранения, а также для соблюдения баланса в аквариуме используют денитрификацию, как самый современный метод снижения уровня нитритов.
Фильтры для очистки помогают обезопасить заражённую воду путём проведения её через специальные ёмкости с наполнителями. По составу они могут быть различны, например, серные шарики, керамический порошок, очищенный гравий, кораллы, губка. Во всех наполнителях создаётся бескислородная среда, в которой развиваются анаэробные бактерии. Вступая в реакцию с нитритами, они расщепляют их до газообразного состояния, тем самым обеззараживая аквариумную воду.
Чтобы проверить наличие вредных соединений, нужно провести тестирование воды на нитриты, с помощью аквариумных тестеров. Концентрация в воде нитритов не должна превышать 0,2 мг/литр.